Presidenti Rugova ka vdekur më 21 janar të vitit 2006, ku u varros me nderime të larta shtetërore dhe ushtarake.
Para se të vdiste, Rugova kishte lënë amanet, që Kosova të mos i prishë miqësitë me vendet e fuqishme në radhë të parë me Shtetet e Bashkuara të Amerikës, dhe që të kishte kujdes nga disa vende të tjera.
“E para gjithmonë ka qenë porosia e tij që të jetë një mirëkuptim-respektim dhe një orientim për të mbajtur gjithmonë miqësinë me vendet e fuqishme. Shtetet e Bashkuara të Amerikës në radhë të parë dhe pastaj këto të tjerat dhe me porosinë se për disa vende të kesh kujdes se marrin në thu edhe në tepihë, s’dua të përmend emrin për shkak të korrektësisë. Ashtu ishte shprehja e tij figurative”, kishte rrëfyert ish presidenti Fatmir Sejdiu për amanetin e fundit që e kishte lënë Rugova.
Në përvjetorin e 16-të të vdekjes së Rugovës do të bëhen homazhe te varri i tij në Velani.
Ndërkaq në ora 14:00 në Gjilan do të mbahet edhe një akademi përkujtimore.
